Seis meses após os acontecimentos de Resident Evil 2, Leon Scott Kennedy é enviado em uma missão para resgatar a filha do presidente dos Estados Unidos, Ashley Graham, que foi raptada por uma seita misteriosa. A missão leva Leon para uma aldeia rural na Espanha, onde encontra vários moradores violentos que dedicam suas vidas para Los Illuminados, a seita que sequestrou Ashley.

O jogador assume o papel do ex-policial agora agente secreto, Leon Scott Kennedy. A jogabilidade se baseia na ação e tiroteios envolvendo vários inimigos em uma grande área aberta. Ao contrário dos games anteriores da série no qual o personagem mirava automaticamente nos inimigos, em Resident Evil 4 foi adicionado uma mira laser que permite que o jogador mire em várias direções.